Ο Φώτης Ιωαννίδης, προερχόμενος από τον Ολυμπιακό Χαλκίδας, εντάχθηκε το καλοκαίρι του 2016 στην Κ20 του Λεβαδειακού. Το 2017 υπέγραψε το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο με την ομάδα της Βοιωτίας και με τη φανέλα της αγωνίστηκε για δύο συνεχόμενες σεζόν στη SuperLeague πετυχαίνοντας 2 γκολ σε 22 ματς. Από τον Αύγουστο του 2020 ανήκει στο δυναμικό του Παναθηναϊκού, υπόγραφοντας συμβόλαιο έως τον Ιούνιο του 2024.