Ο Βαγιαννίδης γεννήθηκε στις 12 Σεπτεμβρίου 2001. Αποτελεί προϊόν των Ακαδημιών του Παναθηναϊκού. Υπέγραψε το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο με το Τριφύλλι στις 14 Νοεμβρίου 2017, όντας μέλος της ομάδας Κ-17 των Πρασίνων. Πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την πρώτη ομάδα του Παναθηναϊκού στις 16 Φεβρουαρίου 2020 σε παιχνίδι με τον Παναιτωλικό στο ΟΑΚΑ σκοράροντας και το πρώτο του γκολ. Το καλοκαίρι του 2020 πήρε μεταγραφή στην Ίντερ, ενώ στη διάρκεια της σεζόν 2020-21 παραχωρήθηκε ως δανεικός στη βελγική Σιντ Τρούιντεν. Έναν χρόνο αργότερα επέστρεψε στο Τριφύλλι. Είναι διεθνής με τις μικρές Εθνικές ομάδες.